Oxirrinc era la capital del nomo XIX , o província, de l’Alt Egipte, i la seva existència està documentada per primera vegada per les fonts jeroglífiques amb el seu nom faraònic, Per-Medyed, en la dinastia XXV, o època núbia. Hi ha la possibilitat que ja existís a la fi de l’Imperi Nou, durant la dinastia XX, i que en aquell moment fos un campament de mercenaris nubis encarregats de la vigilància de la frontera i de la ruta caravanera que va d’Oxirrinc a l’oasi de Bahariya, en el desert Líbic.
És segur que Per-Medyed ja era una ciutat important durant la dinastia XXVI, o Període Saïta (664-525 aC.). Constituïa un important nus de comunicacions que connectava les rutes caravaneres dels oasis occidentals amb el port fluvial del Bahr Yussef, que durant l’antiguitat permetia navegar cap al nord, fins al mateix mar Mediterrani. Cal destacar que el nomo oxirrinquita havia estat anteriorment un nomo consagrat al déu Set, però durant el Període Saïta la divinitat principal de la ciutat estava representada per un peix oxirrinc.
Després de la conquesta d’Egipte per Alexandre el Gran (332 aC.), la ciutat va viure una important colonització grega, que li va donar el nom d’Oxirrinc i li va proporcionar un gran creixement demogràfic fins a convertir-la probablement en la segona ciutat d’Egipte. Oxirrinc va tenir relacions privilegiades amb la nova capital, Alexandria. Va mantenir les seves dimensions i la seva importància durant l’època romana i cristiana-bizantina, i no va ser fins a una molt avançada Edat Mitjana que va començar la seva decadència, després de la conquesta àrab (640).
El jaciment d’Oxirrinc, El Bahnasa, es troba a Egipte i està situat a la riba esquerra del canal Bahr Yussef (que connecta el Nil amb l’oasi del Faiyum), a uns 190 km al sud del Caire. Va ser descobert i identificat com l’antiga ciutat d’Oxirrinc per Dominique Vivant Denon (1747-1825), un dels components de l’expedició a Egipte de Napoleó Bonaparte. Des de 1897 s’han realitzat ocasionalment excavacions i la zona ha estat sistemàticament saquejada, sobretot per a la recerca de papirs, ja que la gran riquesa d’aquests documents ha fet cèlebre el jaciment.
Amb motiu del descobriment d’una tomba d’època saïta el 1982, una missió arqueològica del Consell Superior d’Antiguitats Egípcies va emprendre les excavacions sistemàtiques a El-Bahnasa i més tard, l’any 1992, la Missió va esdevenir Mixta després de la unió al projecte de la Universitat de Barcelona.