Oxirrinc era la capital del nomo XIX , o província, de l’Alt Egipte, i la seva existència està documentada per primera vegada per les fonts jeroglífiques amb el seu nom faraònic, Per-Medyed, en la dinastia XXV, o època núbia. Hi ha la possibilitat que ja existís a la fi de l’Imperi Nou, durant la dinastia XX, i que en aquell moment fos un campament de mercenaris nubis encarregats de la vigilància de la frontera i de la ruta caravanera que va d’Oxirrinc a l’oasi de Bahariya, en el desert Líbico.

És segur que Per-Medyed ja era una ciutat important durant la dinastia XXVI, o Període Saíta (664-525 a. C.). Constituïa un important nus de comunicacions que connectava les rutes caravaneres dels oasis occidentals amb el port fluvial del Bahr Yussef, que durant l’antiguitat permetia navegar cap al nord, fins al mateix mar Mediterrani. Cal destacar que el nomo oxirrinquita havia estat anteriorment un nomo consagrat al déu Set, però durant el Període Saíta la divinitat principal de la ciutat estava representada per un peix oxirrinco.

Després de la conquesta d’Egipte per Alexandre el Gran (332 a. C.), la ciutat va viure una important colonització grega, que li va donar el nom d’Oxirrinc i li va proporcionar un gran creixement demogràfic fins a convertir probablement en la segona ciutat d’Egipte. Oxirrinc va tenir relacions privilegiades amb la nova capital, Alexandria. Va mantenir les seves dimensions i la seva importància durant l’època romana i cristià-bizantina, i no va ser fins molt avançada l’Edat Mitjana que va començar la seva decadència, després de la conquesta àrab (640).

El jaciment d’Oxirrinc, El Bahnasa, es troba a Egipte, situat a la riba esquerra del canal Bahr Yussef (que connecta el Nil amb l’oasi del Faiyum), a uns 190 km al sud del Caire. Va ser descobert i identificat com l’antiga ciutat d’Oxirrinc per Dominique Vivant Denon (1747-1825), un dels components de l’expedició a Egipte de Napoleó Bonaparte. Des de 1897 s’han realitzat ocasionalment excavacions i la zona ha estat sistemàticament saquejada, per a la recerca sobretot de papirs, ja que la gran riquesa d’aquests documents ha fet cèlebre el jaciment.

Amb motiu del descobriment d’una tomba d’època saïta el 1982, una missió arqueològica del Consell Superior d’Antiguitats Egípcies emprendre les excavacions sistemàtiques a El-Bahnasa, i el 1992 la Missió va esdevenir Mixta després de la unió al projecte de la Universitat de Barcelona.