Actualment, la major part de les restes urbanes de la ciutat estan arrasades i només queden restes identificables d’uns pocs monuments. De manera que, abans que la nostra Missió comencés els seus treballs el 1992, pràcticament tot el que se sabia de la ciutat era gràcies als papirs. Aquests donaven notícies interessantíssimes sobre la vida quotidiana dels oxirrinquites, i per aquest motiu, en aquest aspecte Oxirrinc era una de les ciutats més ben conegudes de l’àmbit de tot l’Imperi Romà, tot i així, els nostres coneixements topogràfics i urbanístics eren molt escassos. Per aquesta raó, una de les nostres primeres directrius va ser l’estudi de l’urbanisme antic de la ciutat.
Per dur a terme aquest estudi hem utilitzat diferents metodologies al nostre abast: prospeccions i sondejos arqueològics; el radar; la fotografia aèria amb l’ajut d’un estel; les indicacions topogràfiques dels papirs; i la documentació de dibuixos, plànols i fotografies del jaciment a partir de Denon en el segle XIX. Així, sembla probable que el nucli antic (faraònic) de la ciutat es trobés al sud-est d’aquesta, entre la porta monumental esmentada i una columna honorífica que encara es manté dempeus. Aquesta columna tenia una dedicatòria a l’emperador d’Orient Focas (602-610), a qui per cert se li va dedicar una altra columna honorífica a Roma, el darrer monument civil erigit al Forum Romà. La columna d’Oxirrinc, però, havia format part d’un tetràpilon, un encreuament monumental de carrers prop del qual hi devia haver el Tuereion, o temple de Tueris. Coneixem també l’emplaçament del teatre, al sud-oest; d’unes termes, al sud; i d’un hipòdrom, al nord. Però poca cosa queda visible d’aquests monuments avui dia. També coneixem l’existència de diversos temples, ara per ara difícils de situar.
Cap al centre de la meitat septentrional de la ciutat hi ha el recinte de la Necròpolis Alta. Quan aquesta necròpolis va ser inaugurada en època saïta, es trobava fora i a una certa distància de la ciutat. El creixement urbà posterior la va englobar dins del recinte emmurallat de la ciutat. Com ja hem vist, l’indret va continuar essent utilitzat com a necròpolis en temps grecoromans i cristians. També en època grecoromana s’hi va erigir un gran temple, potser el Serapeu.
