Oxirrinco era la capital del nomo XIX 
, o provincia, del Alto Egipto, y su existencia está documentada por primera vez por las fuentes jeroglíficas con su nombre faraónico, Per-medyed, en la dinastía XXV, o época nubia. Cabe la posibilidad que ya existiera a finales del Imperio Nuevo, durante la dinastía XX, y que en ese momento fuera un campamento de mercenarios nubios encargados de la vigilancia de la frontera y de la ruta caravanera que va de Oxirrinco al oasis de Bahariya, en el desierto Líbico.
Es seguro que Per-medyed 
ya era una ciudad importante durante la dinastía XXVI, o Período Saíta (664-525 a. C.). Constituía un importante nudo de comunicaciones que conectaba las rutas caravaneras de los oasis occidentales con el puerto fluvial del Bahr Yussef, que durante la antigüedad permitía navegar hacia el norte, hasta el mismo mar Mediterráneo. Cabe destacar que el nomo oxirrinquita había sido anteriormente un nomo consagrado al dios Set, pero durante el Período Saíta la divinidad principal de la ciudad estaba representada por un pez oxirrinco.
Tras la conquista de Egipto por Alejandro Magno (332 a. C.), la ciudad vivió una importante colonización griega, que le dio el nombre de Oxirrinco y le proporcionó un gran crecimiento demográfico hasta convertirla probablemente en la segunda ciudad de Egipto. Oxirrinco tuvo relaciones privilegiadas con la nueva capital, Alejandría. Mantuvo sus dimensiones y su importancia durante la época romana y cristiano-bizantina, y no fue hasta muy avanzada la Edad Media que comenzó su decadencia, tras la conquista árabe (640).
El yacimiento de Oxirrinco, El Bahnasa, se encuentra en Egipto, situado en la orilla izquierda del canal Bahr Yusef (que conecta el Nilo con el oasis del Fayum), a unos 190 Km al sur de El Cairo. Fue descubierto e identificado como la antigua ciudad de Oxirrinco por Dominique Vivant Denon (1747-1825), uno de los componentes de la expedición a Egipto de Napoleón Bonaparte. Desde 1897 se han realizado ocasionalmente excavaciones y la zona ha sido sistemáticamente saqueada, para la búsqueda sobre todo de papiros, ya que la gran riqueza de estos documentos ha hecho célebre el yacimiento.
Con motivo del descubrimiento de una tumba de época saíta en 1982, una misión arqueológica del Consejo Superior de Antigüedades Egipcias emprendió las excavaciones sistemáticas en El-Bahnasa, y en 1992 la Misión se convirtió en Mixta tras la unión al proyecto de la Universidad de Barcelona.
