La ville d’Oxyrhynque était la capitale du XIXe nome , ou province, de la Haute-Égypte, et son existence est documentée pour la première fois dans les sources hiéroglyphiques de la XXVe dynastie ou époque nubienne, où elle apparaît avec son nom pharaonique Per-Medjed. Il y aurait la possibilité qu’elle ait déjà existé à la fin du Nouvel Empire, pendant la XXe dynastie, et qu’à ce moment-là elle ait été un campement de mercenaires nubiens chargés de la vigilance de la frontière et de la route caravanière, qui allait d’Oxyrhynque jusqu’à l’oasis d’Al-Bahariya, dans le désert Libyen.
Ce qui est certain c’est que Per-Medjed était déjà une ville importante pendant la XXVIe dynastie, ou Période Saïte (664-525 av. J.-C.). Elle constituait un important carrefour de communications qui connectait les routes caravanières des oasis occidentales avec le port fluvial du Bahr Youssef, lequel, pendant l’Antiquité, permettait de naviguer vers le nord, jusqu’à la mer Méditerranéenne. Il est nécessaire de souligner que le nome oxyrhynquite avait été précédemment un nome consacré au dieu Seth, néanmoins, pendant le Període Saïte, la divinité principale de la ville était représentée par un poisson oxyrhynque.
Après la conquête de l’Égypte par Alexandre le Grand (332 av. J.-C.), la ville vécut une importante colonisation grecque, qui lui donna le nom d’Oxyrhynque et qui lui proportionna un grand développement démographique jusqu’à la convertir, probablement, en la deuxième ville d’Égypte. Oxyrhynque eut des relations privilégiées avec la nouvelle capitale, Alexandrie. Elle conserva ses dimensions et son importance pendant l’époque romaine et chrétienne/byzantine, et ce ne fut que jusqu’une très avancée époque médiévale que sa décadence commença, après la conquête arabe (640).
Le site d’Oxyrhynque, Al-Bahnasah, se localise en Égypte, sur la rive gauche du canal Bahr Youssef (qui connecte le Nil avec l’oasis du Fayoum), à 190 km au sud du Caire. Il fut découvert et identifié comme l’ancienne ville d’Oxyrhynque par Dominique Vivant Denon (1747-1825), un des composants de l’expédition en Égypte de Napoléon Bonaparte. Depuis 1897, des fouilles ont été réalisées occasionnellement et la zone a été systématiquement pillée, notamment en raison de la recherche de papyrus, lesquels ont rendu célèbre le site pour sa grande richesse documentaire.
Grâce à la découverte d’une tombe saïte en 1982, une mission archéologique du Conseil Suprême des Antiquités Égyptiennes a entrepris les fouilles systématiques à Al-Bahnasah, et en 1992 la mission devint mixte après l’union au projet de l’Université de Barcelone.