La cité d’Oxyrhynque, localisée à 180 km au sud du Caire, dans le XIXe nome de la Haute Égypte, et héritière de l’ancienne cité pharaonique Per-Medjed, a été configurée depuis son origine comme une cité commerciale, autant fluvial par le fleuve du Nil, comme terrestre, étant donné que c’était une des voies d’accès depuis les oasis et, de ce fait, du commerce avec la Libye.
L’importance de la cité est connue depuis ses origines avec le pharaon Psammétique, autant par les données apportées par les sources littéraires, comme par les restes archéologiques documentaires depuis le début du XIXe siècle.
Les vestiges de la cité furent documentés, pour la première fois, par Vivant Denon en 1802 dans son œuvre « Voyage dans la Basse et la Haute Égypte ». Ce ne serait qu’entre 1897 et 1907 que seraient réalisées les premières fouilles par les papyrologues Grenfell et Hunt, lesquels firent aussi le premier plan de la cité.
Entre 1909 et 1914 le papyrologue Pastelli travailla dans le site et en 1922 Petrie réalisa une autre campagne archéologique effectuant un plan topographique de la cité, fouillant le théâtre, la colonnade et documente la colonne consacrée à Focas.
Après, c’est Breccia qui arrive entre 1927 et 1932, et c’est à partir de ces dates que les grands pillages de la cité se sont produits, destin desquels étaient les musées et collections particulaires européennes.
Ce ne serait que jusqu’en 1982, après des interventions clandestines, qu’arrive Mahmoud Hamza, directeur de la zone archéologique de l’Égypte Moyen, et à partir de 1992 la mission passe à être Hispano-égyptienne, sous la direction de Josep Padró, qui commence les fouilles dans la nécropole. Parallèlement, entre 1985 et 1987, se réalisent des fouilles par les Kuwaitíes à la charge de Fehervari et la restauration d’une autre partie de la cité islamique ancienne de la part du Service d’Antiquités de 1993 à 2006.
À partir de 2003 les interventions sont réalisées en solitaire par l’équipe espagnole sous le contrôle du Dr Padró appartenant à l’Université de Barcelone, qui coordonnera autres spécialistes de diverses universités, telles que l’Université Paul Valéry Montpellier III, Université du Caire et la Société Catalane d’Égyptologie, ou l’Université de Murcie, entre autres.
La cité d’Oxyrhynque est une des cités plus importantes à partir de la XXVIe dynastie, cependant elle subira une évolution tout au long de l’histoire. Les zones fouillées par la mission ou plus importantes du site jusqu’au moment sont :
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