La cité gréco-romaine d’Oxyrhynque était une cité fortifiée. C’est possible de suivre du côté ouest, qui donne au désert, le tracé de la muraille en adobe. Quoiqu’aux côtés nord et sud le tracé ait été perdu, il est possible de deviner jusqu’où arrivait la cité. Dans la partie est, l’élément le plus remarquable est une porte monumentale en pierre, d’aspect pharaonique, qui donne à l’actuel peuple de Al-Bahnasah et au Bahr Youssef. L’étendue de la cité était de 2 km dans la direction nord-sud et de 1,5 km dans la direction est-ouest. La population estimée devait être de 30.000 habitants.
En époque romaine, quand la cité atteint son extension maximum, elle était formée par une série de quartiers situés tout au long de la muraille, lesquels étaient structurés autour d’une grande nécropole centrale, qui a été nommée Haute Nécropole. Au centre de cette dernière se localisait un grand temple, probablement dédié à Sérapis, devant lequel se trouvait un grand marché. La cité avait un axe routier nord-sud, une rue principale, et deux axes routiers transversaux (la rue large du nord et la rue large du sud). D’un côté, la rue large du nord connectait le marché et le temple de la Haute Nécropole avec la rue principale, d’un autre côté, la rue large du sud connectait le théâtre avec le Bahr Youssef, en passant par le tétrapyle de Thouéris et la porte monumentale est. Autour du tétrapyle s’étendait, probablement, la vieille ville de la population d’époque pharaonique, et au sud se localisaient des thermes.
En dehors de l’enceinte fortifiée, à l’ouest, a été localisé un Osiréion qui date essentiellement de la période ptolémaïque et duquel s’est conservé la partie souterraine. Entre l’Osiréion et la cité, se trouve une nécropole grecque et romaine.
En époque chrétienne byzantine, en dehors de la ville fortifiée, avaient été construits nombreux monastères, autant de moines que de nonnes. Cette information, qui nous est arrivée à travers d’un texte anonyme en grec contemporain, a été confirmée par de trouvailles de nos propres fouilles : la grande villa fortifiée au nord-est de la cité et l’oratoire copte qui est à proximité. Également, ceci a été confirmé grâce aux fouilles d’urgence réalisées au sud de la cité par le Conseil Supérieur des Antiquités et à la découverte des restes d’un autre monastère.