Actuellement, la plupart des vestiges urbains de la cité sont complètement détruits, ne restant seulement que les ruines identifiables de quelques monuments. Donc, avant que notre Mission n’eût commencé ces travaux en 1992, quasiment tout ce qui se savait de la cité c’était grâce aux papyrus. Ces derniers proportionnaient des informations d’un grand intérêt à propos de la vie quotidienne des oxyrhynquites, ce qui convertissait Oxyrhynque en une des cités les mieux connues dans le cadre de tout l’empire romain, cependant, nos connaissances topographiques et urbanistiques étaient très insuffisantes. De ce fait, une de nos premières activités fut d’étudier l’urbanisme ancien de la cité.
Pour la réalisation de cette étude on a utilisé différentes méthodologies à notre portée : prospections et sondages archéologiques ; le radar ; la photographie aérienne avec un cerf-volant ; les indications topographiques des papyrus et la documentation des dessins, plans et photos du site à partir de Denon, au XIXe siècle. Ainsi, il semble probable que l’ancien quartier (pharaonique) de la ville se serait trouvé au sud-est, entre la porte monumentale, déjà mentionnée, et une colonne honorifique qui se tient encore en pied. Cette colonne avait une dédicace à l’empereur d’Orient Focas (602 – 610), à qui, par ailleurs, lui a été dédié une autre colonne honorifique à Rome, le dernier monument civil érigé dans le Forum Romain. Toutefois, la colonne d’Oxyrhynque faisait partie d’un tétrapyle (un croisement monumental de rues) proche duquel pouvait y être situé le Thouéreion ou temple de Thouéris. Également, on connaît l’emplacement du théâtre, au sud-ouest ; des termes, au sud ; et d’un hippodrome, au nord. Malheureusement, aujourd’hui il ne reste pas grande chose visible de ces derniers. En outre, on connaît l’existence de plusieurs temples, actuellement difficiles de localiser.
Vers le centre de la moitié septentrionale de la cité, se trouve le complexe de la Haute Nécropole. Quand celle-ci fut inaugurée en époque saïte, elle se trouvait à l’extérieur, à une certaine distance de la cité. Le postérieur développement urbain occasionna son inclusion dans l’enceinte fortifiée. Comme nous l’avons déjà constaté, l’emplacement continua à être utilisé comme nécropole pendant l’époque gréco-romaine et chrétienne. Ainsi, en époque gréco-romaine, fut érigé un grand temple, probablement le Serapeum.
