Les premiers travaux ont consisté à la continuation des fouilles de la nécropole localisée en 1982 et à l’étude de toutes les structures funéraires découvertes jusqu’au moment par la mission égyptienne. Cette nécropole a été nommée, postérieurement, Haute nécropole. Parmi les structures funéraires étudiées, la tombe nº 1 se distingue pour être une tombe construite pendant le Période Saïte et par le fait d’être pratiquement intacte.

La tombe nº 1 c’est une tombe de plan complexe, construite avec des blocs en pierre blanche très bien équarris et assemblés entre eux. Ses chambres sont couvertes par des voutes en berceau. Il s’agit d’une tombe familiale qui fut utilisée pour enterrer, dans des sarcophages anthropomorphes en pierre et couverts d’inscriptions hiéroglyphiques, toute une famille de hauts dignitaires sacerdotales, possiblement entre le VIIe et VIe siècles av. J. C. Ultérieurement, la Mission a trouvé et fouillé d’autres tombes du Période Saïte, principalement la nº 13 et la nº 14, lesquelles utilisent des techniques constructives similaires. La nº 14, quoique déjà partialement détruite dans l’Antiquité, c’est la plus grande qui a été localisée jusqu’aujourd’hui et, possiblement, elle fut élargie pendant des époques postérieures. Une des nefs est probablement la plus large connue actuellement dans l’architecture pharaonique égyptienne, couverte par une voute en berceau. Les fouilles ont permis de récupérer encore un important mobilier funéraire. Les inscriptions hiéroglyphiques trouvées, rendent possible l’identification de jusqu’à trois générations de charges sacerdotales, avec leurs familles. Tant les inscriptions de cette tombe comme celles de la nº 1, documentent l’existence du culte à Thouéris ; le nom pharaonique de la cité Per-Medjed, localisé pour la première fois à Oxyrhynque ; et le nom d’un sanctuaire appelé Per-jef, tout ceci appartenant à l’époque saïte.

Autour des tombes saïtes se sont trouvés plusieurs d’autres d’époque gréco-romaine. Généralement, ces dernières sont plus petites et sont construites avec des blocs en pierre équarris plus petits, cependant, on peut observer comment elles imitent la technique constructive de celles d’époque saïte, spécialement avec des structures plus ou moins complexes et des chambres couvertes avec une voute en berceau. Malgré que beaucoup d’entre elles avaient déjà été pillées dès l’Antiquité, d’importants trousseaux funéraires ont été trouvés et, surtout, une grande quantité de momies couvertes avec des cartonnages richement décorés. Certaines tombes ont des courtes inscriptions en grec incisées dans les murs, d’autres ont des peintures murales ou des reliefs avec des scènes mythologiques ou funéraires, parmi lesquelles se distinguent des représentations du poisson oxyrhynque, également documenté pour la première fois dans la cité qui porte son nom.

Depuis longtemps, se connaissaient un grand nombre de statuettes en bronze avec la représentation d’un poisson oxyrhynque, lesquelles étaient soupçonnées de provenir de la cité d’Oxyrhynque. Auparavant, on croyait, à tort, que celui-ci était l’animal sacré de Seth, vu que le nome oxyrhynquite avait été consacré à ce dieu, qui assassina son frère Osiris, démembra son corps et le jeta dans la rivière, où finalement un poisson oxyrhynque mangea son phallus. Néanmoins, la trouvaille récente d’une de ces statuettes de bronze avec une dédicace à Thouéris, a démontré que l’oxyrhynque, lequel était un nom féminin dans la langue égyptienne, est en réalité l’animal sacré de cette déesse, qui est la divinité primordiale de Per-Medjed. Ceci a été prouvé par des trouvailles récentes, dans des tombes gréco-romaines de la Haute Nécropole, de représentations du poisson oxyrhynque et, donc, de la déesse Thouéris.

La population grecque d’Oxyrhynque, bien qu’elle ait conservé sa langue, elle adopta les rituels funéraires des divinités égyptiennes. Le plus important d’entre eux fut Sérapis, un dieu guérisseur formé à partir d’Osiris et d’Apis mais avec une morphologie grecque. Son temple, le Serapeum, devait se localiser au centre de la cité. Récemment, la Mission a trouvé, dans le complexe de la Haute Nécropole, les vestiges d’un grand temple, très dévasté, d’époque classique. Celui-ci est encore en cours de fouilles, nonobstant, c’est probable qu’il s’agisse du Serapeum. On espère que dans les prochaines campagnes de fouilles on puisse confirmer ou démentir cette hypothèse.

Les habitants d’Oxyrhynque furent christianisés tout au long du IVe siècle, cependant, ils continuèrent à utiliser l’emplacement de la Haute Nécropole comme lieu d’enterrement. Ceci explique pourquoi la Mission a trouvé d’importantes structures funéraires au-dessus de celles déjà existantes ou réutilisant des tombes gréco-romaines. Ces structures sont faites avec de l’adobe, toutefois, elles contiennent souvent d’importantes peintures et des inscriptions murales en grec de caractère chrétien, lesquelles ont dû être arrachées de son support pour être restaurées. Certains de ces enterrements sont des fosses individuelles et d’autres, des cryptes collectives.

Les tombes et les édifices les plus significatifs de la nécropole sont :

  • La Tombe 1
  • La Tombe 14
  • La Maison funéraire