En 1992 se constituyó la Misión Arqueológica Mixta de Oxirrinco, entre la Universidad de Barcelona y el Servicio de Antigüedades de Egipto, dirigida desde entonces por el profesor Dr. Josep Padró i Parcerisa. De acuerdo con la normativa de excavaciones vigente, la Universidad construyó una residencia de investigadores y un primer almacén de antigüedades, que fueron inaugurados en 1999. El edificio está ubicado dentro del conjunto arqueológico y es propiedad de la Universidad mientras duren los trabajos de la Misión; el terreno sobre el que está construido sigue siendo propiedad del Servicio de Antigüedades, actualmente Consejo Superior de Antigüedades de Egipto. En 2002 la Misión pasó a ser exclusivamente de la Universidad de Barcelona.

En el año 2003, en colaboración con el Consejo Superior de Antigüedades de Egipto, se organizó una exposición sobre Oxirrinco en el Museo Egipcio del Cairo, el Museo Grecorromano de Alejandría y el Museo Copto del Cairo. En 2008 la Misión participó también en una exposición organizada por el Ministerio de Cultura en el Museo del Cairo. En 2007, con motivo de la celebración de un coloquio sobre Oxirrinco en Cabestany (en el Rosellón), se organizó una exposición fotográfica que posteriormente se ha podido ver en el Museo de Arqueología de Barcelona, en 2009-10; en la Fundación Bosch i Cardellach de Sabadell, en 2010; y en el Centro Cultural de Egipto de París, también en 2010.

Para llevar a cabo los trabajos arqueológicos, la Universidad de Barcelona ha contado, a lo largo de todos estos años, con la colaboración de diversas instituciones, tanto públicas como privadas, además del propio Servicio de Antigüedades. Entre otras, han colaborado la Universidad del Cairo, la Universidad Paul-Valéry Montpellier III, la Societat Catalana d’Egiptologia, el Museo Arqueológico de Barcelona, el Ministerio de Cultura, el Departamento de Cultura de la Generalitat de Catalunya, la Universidad Rovira i Virgili, la Dirección General de Investigación de la Generalitat de Catalunya (a través del Grup de Recerca d’Arqueologia Clàssica, Protohistòrica i Egípcia), el Institut Català d’Arqueologia Clàssica, y Terre d’Égypte.