La mayor parte de los restos urbanos de la ciudad están actualmente arrasados, y sólo quedan restos identificables de pocos monumentos. De modo que, antes de que nuestra Misión comenzara sus trabajos en 1992, prácticamente todo lo que se sabía de la ciudad era gracias a los papiros. Estos papiros proporcionaban informaciones de gran interés sobre la vida cotidiana de los oxirrinquitas, por lo que en este aspecto Oxirrinco era una de las ciudades mejor conocidas del ámbito de todo el imperio romano, pero nuestros conocimientos topográficos y urbanísticos eran muy escasos. Por ello, una de nuestras primeras actividades fue estudiar el urbanismo antiguo de la ciudad.
Para llevar a cabo este estudio hemos utilizado diferentes metodologías a nuestro alcance: prospecciones y sondeos arqueológicos; el radar; la fotografía aérea con cometa; las indicaciones topográficas de los papiros y la documentación de dibujos, planos y fotos del yacimiento a partir de Denon, en el siglo XIX. Así, parece probable que el casco antiguo (faraónico) de la ciudad se encontrara en el sureste, entre la puerta monumental ya mencionada y una columna honorífica que aún se mantiene en pie. Esta columna tenía una dedicatoria al emperador de Oriente Focas (602-610), a quien, por cierto, se le dedicó otra columna honorífica en Roma, el último monumento civil erigido en el Foro Romano. La columna de Oxirrinco, sin embargo, formaba parte de un tetrápilo, cruce monumental de calles, cerca del cual debía de estar situado el Tuereion, o templo de Tueris. Conocemos también el emplazamiento del teatro, al suroeste; de unas termas, al sur; y de un hipódromo, al norte. Pero poco queda visible de estos monumentos hoy en día. También conocemos la existencia de varios templos, actualmente difíciles de situar.
Hacia el centro de la mitad septentrional de la ciudad se encuentra el recinto de la Necrópolis Alta. Cuando esta necrópolis fue inaugurada en época saíta, se encontraba fuera de la ciudad a cierta distancia. El posterior crecimiento urbano la englobó dentro del recinto amurallado de la ciudad. Como ya hemos visto, el lugar continuó siendo utilizado como necrópolis en tiempos grecorromanos y cristianos. También en época grecorromana se erigió un gran templo, quizás el Serapeo.
