Los primeros trabajos consistieron en la continuación de la excavación de la necrópolis localizada en 1982 y en el estudio de todas las estructuras funerarias descubiertas hasta ese momento por la misión egipcia. Esta necrópolis ha sido llamada posteriormente Necrópolis Alta. Entre las estructuras funerarias estudiadas, la tumba n. 1 destaca por ser una tumba construida durante el Período Saíta y por estar prácticamente intacta.
La tumba 1 es una tumba de planta compleja, construida con bloques de piedra blanca muy bien escuadrados y acoplados entre ellos. Sus cámaras están cubiertas por bóvedas de cañón. Se trata de una tumba familiar, que fue utilizada para enterrar, en sarcófagos antropomorfos de piedra cubiertos de inscripciones jeroglíficas, toda una familia de altos dignatarios sacerdotales, posiblemente entre los siglos VII y VI a. C. Posteriormente, la Misión ha encontrado y excavado otras tumbas del Período Saíta, entre las que destacan la 13 y la 14, que utilizan técnicas constructivas similares. La 14, aunque parcialmente destruida ya en la antigüedad, es la mayor que se ha localizado hasta ahora, y posiblemente fue ampliada en épocas posteriores. Una de las naves es probablemente la más ancha conocida hasta ahora en la arquitectura faraónica egipcia, cubierta por una bóveda de cañón. Las excavaciones han permitido recuperar todavía un importante ajuar funerario. Las inscripciones jeroglíficas encontradas hacen posible la identificación de hasta tres generaciones de cargos sacerdotales, con sus familias. Tanto las inscripciones de esta tumba como las de la núm. 1 documentan la existencia del culto a Tueris, el nombre faraónico de la ciudad Per-medyed, localizado por primera vez en Oxirrinco, y el nombre de un santuario llamado Per-jef, todo ello ya de época saíta.
Alrededor de las tumbas saítas se han encontrado muchas otras tumbas de época grecorromana. En general, son más pequeñas y están construidas con bloques de piedra escuadrada más pequeños, pero se aprecia que imitan la técnica constructiva de las tumbas de la época saíta, especialmente con estructuras más o menos complejas y cámaras cubiertas con bóveda de cañón. Aunque muchas habían sido saqueadas ya desde la antigüedad, se han descubierto todavía importantes ajuares funerarios y, sobre todo, una gran cantidad de momias cubiertas con cartonajes ricamente decorados. Algunas tumbas tienen breves inscripciones en griego incisas en las paredes, otras pinturas murales o relieves con escenas mitológicas y funerarias, entre los que destacan representaciones del pez oxirrinco, documentado también por primera vez en la ciudad que lleva su nombre.
Desde hace tiempo se conocían gran número de estatuillas de bronce con la representación de un pez oxirrinco, y se sospechaba que procedían de la ciudad de Oxirrinco. Se creía erróneamente que el oxirrinco era el animal sagrado de Set, dado que el nomo oxirrinquita había sido consagrado a Set, que asesinó a su hermano Osiris, descuartizó su cuerpo y lo arrojó al río y un oxirrinco se comió su falo. Sin embargo, el hallazgo reciente de una de estas estatuillas de bronce con una dedicatoria a Tueris ha demostrado que el oxirrinco, que en lengua egipcia era un nombre femenino, es en realidad el animal sagrado de esta diosa, que es la divinidad primordial de Per-medjed. Esto ha sido demostrado por los hallazgos recientes, en tumbas grecorromanas de la Necrópolis Alta, de representaciones del pez oxirrinco y, por tanto, de la diosa Tueris.
La población griega de Oxirrinco, aunque conservó su lengua, adoptó los rituales funerarios y los dioses egipcios. El más importante de ellos era Serapis, un dios sanador formado a partir de Osiris-Apis pero con forma griega. Su templo, el Serapeo, se debía de encontrar en el centro de la ciudad. Recientemente, la Misión ha hallado, dentro del conjunto de la Necrópolis Alta, los restos de un gran templo, muy arrasado, de época clásica. Está todavía en curso de excavación, pero es muy probable que se trate precisamente del Serapeo. Esperamos que en próximas campañas de excavación se pueda confirmar o desmentir esta hipótesis.
Los habitantes de Oxirrinco se cristianizaron a lo largo del siglo IV, pero siguieron utilizando el emplazamiento de la Necrópolis Alta como lugar de enterramiento. Eso explica que la Misión haya encontrado importantes estructuras funerarias por encima de las ya existentes o reutilizando tumbas grecorromanas. Estas estructuras están hechas de adobe, pero a menudo contienen importantes pinturas e inscripciones murales en griego de carácter cristiano, y se han tenido que arrancar de su soporte para restaurar. Algunos de estos enterramientos son fosas individuales y otros, criptas colectivas.
Las tumbas y edificios mas destacados de la necrópolis son:
La Tumba 1
La Tumba 14
